故事发生在美丽的志摩市因交通意外失去母亲的小男孩相泽透一天在好奇心的驱使下在海岛上找到一块闪烁着红光的石头上面还有一枚蛋刚握在手里从蛋里竟孵出一只小乌龟来为了纪念母亲生前对他的昵称小透给小乌龟起名为透透并瞒着父亲孝介把透透养在家里
平常在家里不爱说话的小透由此一天天的开朗起来这让孝介感到惊讶而欣慰然而事情并没有这么简单这并不是普通的小乌龟它不但生长速度惊人而且还懂得制造气流在空中飞行青梅竹马的邻家女孩西尾麻衣了解到这一切她告诉小透透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪兽加美拉后来透透长大到实在没法遮掩小透便把它搬进了海边一个秘密小屋
麻衣原来一直有心脏毛病翌日她将要到名古屋的大医院动手术得知此事小透决定要送给麻衣当地流传能带来好运的绯红色守护石而这块守护石正是透透出生时那块发出红光的石头窝麻衣为此向两个小透都表示感激
一天小屋里的透透突然不见踪影小透正要四出寻找一头凶恶的蜥蜴怪兽积达士出现不仅在市镇上大肆破坏还掠食人类孝介赶到现场打算带儿子和他的小伙伴脱离险境却不知积达士已经在背后张开了血盆大口千钧一发之际一个庞大身影闪过将积达士撞开果然透透就是年幼的加美拉
只有成年体型四分之一的透透经过苦战一场终于把积达士打入大海而自己也耗尽了力气被政府内阁官员带同巨型生物审议委员会抓走小透却只能眼睁睁的看着透透被军方押送离开不过坏消息随后带来了一个好消息麻衣的母亲来电告诉小透女儿的手术顺利完成奇怪的是麻衣在梦中却一直念叨着要把守护石还给透透
学者雨宫本想对加美拉进行催长手术好让它尽快长大足以抵抗恐怖怪兽的袭击没想试验还在进行的时候积达士再次在名古屋登陆直接给研究所杀了个措手不及成长不完全的透透也只好再度迎战而此时的小透正在赶往名古屋的路上他明白到守护石必须回到透透身上才能让透透发挥出最大的力量
可是小透徒步实在太慢了麻衣也心急如焚要亲自送守护石回去却被父母和医生劝阻透透面对积达士完全没有还手之力这下子可危险了……
