在人类生活的世界里存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成他们将人类世界称之为大方块10岁的小学生包小龙大方块的一名小学生然而他天生就有点不同常常把老鼠蟑螂等动物们看成可爱的小精灵小龙的异常得不到家人的理解更被同学和小伙伴们排斥有一天一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里他开始听得到小精灵们的心声精灵们不断涌现惊呼小龙就是那个人黄金龙的精灵师正当小龙迷惑不解时他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信
某年夏天六年级小学生裕太武井证 配音独自来到位于深山的萤之丘水库当年他曾和父亲来到这里捉独角仙一年前父亲意外去世曾留下无数美好回忆的水库对他来说自然别有一番意义在此期间他遭遇罕见的暴雨结果不小心跌落水库幸运的是裕太成功获救在一个古色古香的小村庄里他结识了可爱天真的小女孩纱荣子木村彩由实 配音偶然间裕太发现自己正身处昭和25年1950而这里正是后来沉入水库的小村庄意外穿越时空三十年对裕太来说究竟意味着什么呢 本片根据网络作家川口雅幸的同名原作改编
