经过了十个世纪大约在198X年的某一天阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人并传授了她有关忍者的一切可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空所以他将唐井立为自己的继承人并告诉了她自己是外星人的一切真相随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息阿特姆施莱德转战来到了美国并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙成为纽约最大的资产家家财万贯同时拥有全市最高的大厦并且控制着整个城市的黑势力
同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨户良大师所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士因为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德但是裁判所表示他们只关心被封印起来的天狗认为这是施莱德个冒牌货所以没有必要与其一般见识这一情况惹恼了阿特姆施莱德之后因为朋友的背叛滨户良随阿特姆流亡者们转移逃离了日本但终究还是在美国被杀害了
侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体变成了接近人形的变异生物也就诞生了新一代的忍者神龟斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识希望有朝一日能为自己的主人复仇2003年的某一天已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务但是惨遭失败露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退过了一段日子施莱德展开了复仇并将李奥打成重伤在朋友帮助下逃过休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋但是我们知道这只是他的机器外壳而神龟们的代价则是失去了他们的父亲斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史但是就在这时施莱德再度出现了一番大战后施莱德露出了他的真面目眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球千年的复仇计划毁于一旦施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽而最终神龟们利用传送门逃生施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……
