牙鬼との激闘から2年それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まったそこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同なんとこの2年2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者ニンニンガールズquot;として平和を守っていたのだった
戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物天晴と風花の母・桜子が現れたしかも風花と霞を誘いニンニンガールズquot;をプロデュースしているというのださらに世界進出を考える桜子から伊賀崎流quot;の名前をかけてニンニンガールズquot;と真剣勝負を提案される天晴八雲凪キンジの4人はニンニンボーイズquot;として受けて立つこととなったこの試合もアピールの場として使おうとする桜子は新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷりそして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった
時を同じくして執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――
果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか ,
