在经历革命后的新富饶时代导力器技术相当发达利用导力器技术所研发出来的各式各样的机械产品为人们带来了便利的生活渐渐地导力器技术成为了能量的核心也成为了日常生活中无可替代的存在与此同时部份强国也开始研究导力器兵器策划争夺大陆霸权的战争因而衍生出各种混乱「游击士」随之而生游击士是在大陆各地开设支部据点的工会他们以保护民众安全与地域和平为第一目标并派遣游击士消灭魔兽打击犯罪；站在中立的角度处理国际之间的纠纷故事以被埃雷波尼亚帝国及卡尔瓦德共和国所包围的利贝尔王国为主舞台少
在冲绳合宿中在由于朝阳的云隙光而达到了最高氛围值的桥上雪村和冰室进行了理论值最高的亲吻但由于采集的唾液量并不充足于是决定再次测量为拜访唾液检测的专家一行人动身前往理工部生命科学学院而他们面前出现的是花魁打扮配一袭白衣的艳丽女子翠雨以及她的恋人克里斯雪村邀请翠雨二人帮助他们一起完成「证明喜欢的实验」却因此见识了翠雨他们压倒性的爱之气场……
这里是人神魔各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚快活的玛娜莉亚王国公主安内向的龙族公主格蕾尔自两人的相遇之后玛娜莉亚魔法学院的生活开始了
一种名为卡巴内的钢铁怪物忽然出现在人类社会之中造成了巨大的恐慌被它们袭击过的人类会拥有起死回生之能力并且亦开始袭击同类在怪物猛烈的进攻之下人类社会很快就四分五裂幸存下来的人们建立起了城寨驿靠着彼此互通有无苟且残存驿与驿之间唯一能够通行的交通工具是装甲蒸汽机车生驹畠中祐 配音是一名以蒸汽锻冶为业的热血少年他发明了武器贯筒希望能够为消灭卡巴内贡献出自己的力量一次偶然中生驹邂逅了神秘的少女千本木彩花 配音与此同时一场暴走事件的发生使得生驹所生活的显金驿彻底沦陷卡巴内不断的产生着生驹并没有选择逃跑而是拿起武器挺身而出
正在进行修业之旅的小智松本梨香 配音小刚うえだゆうじ 配音小遥KAORI 配音和小正山田ふしぎ 配音在前往下一个城镇的路上迷失方向口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美眞鍋かをり 配音及其所在的玛丽娜剧团于是随着她们展开愉快的旅行洋美是水之民的后代她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普藤岡弘 配音夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败他将与洋美小精灵护林员杰克山寺宏一 配音以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列9电影
