突袭世界的大灾难第二次冲击后世界在废墟之上重建14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市本以为能见到父亲迎接的他却见到名为 使徒的巨大生物与军队交火危急之下特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下并将其带往碇元渡所统领的NERV总部但迎接真嗣的却是是父亲冷酷地命令驾驶称为EVA的巨大人型机器人与使徒战斗本已表示拒绝的真嗣看到重伤的替补驾驶员绫波丽后决定遵从父亲的命令就这样从未受过作战训练的真嗣准备驾驶EVA初号机迎战使徒
不断袭来的使徒身份不明的绫波丽从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾14岁的少年要面对远超自己能力的挑战而碇元渡不动声色地观察一切一个称为人类补完计划的神秘计划正在按照他的计划实现
