故事发生在近未来的日本反对日本现今体制的人们纷纷在东京的临海区域定居并将他们居住的地方命名为东京桃源乡建智铁也也是其中之一巨大的怪物突然出现在了东京湾那是被称为城护众的组织用神秘的秘术所制作出来的妖怪雷兽为此作为维护世界和平的组织ASY特别派出了人型兵器钢仙迎战激战之后钢仙成功击败了雷兽可是却将避难的船只卷入战场此时一位浮在空中的少女出现在了众人眼前并对钢仙展开了攻击经过一番搏斗少女神秘消失与此同时铁也邂逅了另一名神秘少女少女自称楼兰是乘坐小木船漂流而来并对自己的过去一无所知……
2013年因为修学旅行而来到台湾的女高中生小椋汐遭到了突然出现的怪兽进化侵略体的袭击在军队完全没用的时候谜之男子们出现在面前他们是超国家机关DOGOO的代理人继承了伟人之魂并将这股力量用之战斗的E遗传子持有者终于在友人面临危机之际小椋汐身上的伟人之魂也觉醒了
经过艰苦鏖战星矢紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在极乐净土 这是一片至高无上的天堂没有饥饿战争和痛苦只有死后被神选中的人才能达到这里他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明死神达拿都斯和睡神休普诺斯他们的神力极为强大纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸绝望之际圣衣的力量再次苏醒进化成只有神灵才能拥有的神圣衣神与神的战争再次升级人类的命运将会如何
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