1989年日本乔纳森乔斯达与DIO决战后的一百年DIO复活了同时乔瑟夫的孙子空条承太郎发现自己有幽波纹替身能力DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地埃及
两只愚蠢的幼虫伙伴被困在一个热带岛屿上从发现食物到结识新的动物朋友他们从各种活动中找到了闹剧般的乐趣
狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续而另一边厢那四只调皮捣蛋的企鹅:沉着冷静的老大TomMcGrath配音脑瓜机灵的技术狂卡哇伊JeffBennett配音单纯而超梦的菜鸟JamesPatrickStuart配音以及疯狂危险的凉快JohnDiMaggio配音却回到了纽约动物园虽然平时被关在笼中但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟在繁华的国际大都会他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险此外超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家携手到陌生的美国闯天下动物人类原始文明彼此间发生激烈碰撞有趣的故事接连上演…… 本片为动画电影马达加斯加的衍生剧
